Josef Prokeš je místopředsedou Úřadu pro ochranu osobních údajů. Problematice ochrany dat, také na mezinárodní úrovni, se věnuje od roku 2001. V roce 2014 byl iniciátorem vzniku první profesní organizace v České republice, zabývající se výlučně tématem ochrany osobních dat, Spolku pro ochranu osobních údajů, jehož se stal zakládajícím předsedou. Více než 10 let odborně přednášel, mj. jako vysokoškolský pedagog, také působil v Ústavu státu a práva Akademie věd České republiky.